Residencia de Epidemiología
Incorporar habilidades técnicas vinculadas con el análisis espacial básico mediante lenguaje R y paquetes específicos.
Objetivos:
Se espera que al finalizar este taller lxs participantes puedan:
Durante la cursada vamos a trabajar con diapositivas, materiales de lectura-consulta, trabajos prácticos y diferentes recursos que estarán publicados en el sitio https://datos-ine.github.io/GeoR/
El taller tendrá 5 encuentros presenciales, los días ….
Constarán de una exposición del tema a partir de diapositivas y una parte práctica (con un script guiado).
Recuerden que me ubican al mail christianballejo@gmail.com y mi Whatsapp 223-5309396
Por lo tanto, reconocemos que todo espacio geográfico poblacional, porta una historia ecológica, biológica, económica, conductual y cultural que se relaciona con la manera de enfermar.
El estudio del Dr. John Snow sobre la epidemia de cólera de Londres en 1854 proporciona uno de los ejemplos más famosos de epidemiología espacial. Snow creía que el cólera se transmitía a través del agua potable, pero en ese momento, esta teoría fue recibida con un escepticismo extremo (Snow 1855; Frerichs 2000)
Los sistemas de información geográfica (SIG) estan en plena evolución desde el año 1962 en que apareció la idea original.
Según su definición, un SIG, también habitualmente citado como GIS por las siglas de su nombre en inglés Geographical Information System, es un conjunto de herramientas que integra y relaciona diversos componentes que permiten la organización, almacenamiento, manipulación, análisis y modelización de grandes cantidades de datos procedentes del mundo real que están vinculados a una referencia espacial, facilitando la incorporación de aspectos sociales-culturales, económicos y ambientales que conducen a la toma de decisiones de una manera más eficaz.
Los SIG constan de 3 etapas:
Captura y organización de datos
Manipulación de datos y análisis espaciales
Visualización y salida de datos
Existen como aplicaciones independientes:
comerciales: ArcGIS, MapInfo, etc
libres/open source: QGIS, gvSIG, etc
lenguajes de programacion: R, python, javascript, etc
Las proyecciones cartográficas son transformaciones matemáticas que permiten representar la superficie terrestre en un plano.
Toda proyección cartográfica:
Algunas conocidas son Mercator, Gauss-Krüger y Lambert Equiareal.
Formato raster
Formato vectorial
El formato raster se fundamenta en la división del área de estudio en una matriz de celdas regulares, generalmente cuadradas.
cada una de estas celdas recibe un único valor que se considera representativo para toda la superficie abarcada por la misma
se trata de un formato de dato que se centra en las propiedades del espacio y es el más adecuado cuando se desea modelizar variables continuas en el espacio, como por ejemplo: temperatura superficial de la Tierra.
el píxel es la menor unidad de información y determina la resolución espacial de una imagen raster.
cuanto mayor es la resolución espacial, menor es el tamaño del píxel en unidades sobre el terreno. Por ejemplo una imagen raster con una resolución espacial de 30m significa que no podrá discriminar entre dos objetos que se encuentren separadas a una distancia menor de 30m.
El formato vectorial está compuesto por entidades geográficas. Las básicas son: puntos, líneas y polígonos.
estas entidades se asociación con atributos particulares, es decir con tablas de datos asociadas.
los datos vectoriales implican mucho menos almacenamiento que el formato raster, ya que almacenamos datos de atributos solo para puntos, líneas y áreas en lugar de para cada píxel.
El código epsg recibe su nombre European Petroleum Survey Group o EPSG (1986 – 2005) que actualmente no existe. El estándar lo mantiene la International Association of Oil and Gas Producers Surveying and Positioning Committee (OGP). https://epsg.io/ - http://spatialreference.org/
el código epsg más utilizado universalmente es el 4326 que refiere al sistema de coordenadas WGS 84 (World Geodetic System 1984), en el que se basa todo el sistema de GPS en el mundo.
en nuestro país, el estándar actual (desde 2009) es el POSGAR 07, basado en WGS 84. Su código epsg es el 5340.
contiene un conjunto de parámetros como el tipo de proyección, el datum y el elipsoide.
el datum proporciona un marco de referencia para medir ubicaciones en la superficie de la Tierra
el elipsoide define como se calcula la redondez de la Tierra.
La definición proj4string CRS(“+init=epsg:4326”)
CRS arguments: +init=epsg:4326 +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0
GDAL es una biblioteca de formatos de datos geoespaciales (ráster y vectoriales)
código abierto publicado por la Open Source Geospatial Foundation
posee API (Application Programming Interface) que la vincula con múltiples lenguajes
actualmente los paquetes sf y raster utilizan aproximadamente 75 formatos de la librería
los formatos de uso más común son ESRI shapefile (shp), GeoJSON (json), rds nativos de R, MapInfo, Carto, etc.
Manejo de datos espaciales
Visualización de mapas
Herramientas espaciales
Análisis espacial
El modelo geométrico sf (simple feature) es un estándar de código abierto desarrollado y respaldado por el Open Geospatial Consortium (OGC) para representar una amplia gama de información geográfica.
los objetos son simples dataframes con datos geográficos que ocupan una variable especial. Esta columna generalmente se llama ”geom” o ”geometry”.
las geometrías más comunes de datos espaciales son clase Point, Multipoint, Linestring, Multilinestring, Polygon y Multipolygon.
permite leer y escribir datos mediante GDAL, ejecutar operaciones geométricas con GEOS (para coordenadas proyectadas) y realizar transformaciones de coordenadas con PROJ.
incluye funciones para crear, leer, manipular y escribir datos ráster.
permite leer archivos raster grandes desde el disco rigido directamente (sin cargarlos completos en la RAM).
provee dos clases: SpatRaster (rast()) y SpatVector (vect())
para hacer compatibles los formatos SpatRaster y SpatVector con tidyverse, debemos usar el paquete tidyterra. Permite usar ggplot2 con capas geom_spatraster y geom_spatvector
sf_read() para importar archivos espaciales (shp, json, kml, etc)vect() para importar datos espaciales vectoriales y rast() para datos raster.Open Street Map
ESRI
CartoDB
Stamen
Stadia
AzureMaps
Google Maps
Jawg
Podemos ver algunas versiones de ellos en https://leaflet-extras.github.io/leaflet-providers/preview/
Instituto Nacional de Epidemiología